Perguruan Mu'allimin Muhammadiyah Selatpanjang berawal dari SMP Muhammadiyah yang berdiri pada tahun 1960-an. Awal berdirinya penuh dengan rintangan dari masyarakat Selatpanjang karena membawa nama Muhammadiyah yang dianggap sebagai aliran baru. Murid pertama hanya 6 orang dengan gedung sekolah menumpang di Koperasi Wan Ahmad.

Pada tahun 1968, Muhammadiyah Selatpanjang membentuk tim untuk mendirikan gedung sekolah sendiri setelah mendapat hibah tanah dari Syekh Abdurrahman di Jalan Rintis. Gedung dibangun dengan sumbangan masyarakat berupa atap daun, tiang nibung, dan lantai papan meranti. Pada masa ini sekolah berubah nama menjadi SMP Jenderal Sudirman (1968-1972) karena tekanan politik.

Tahun 1972, nama sekolah kembali menjadi Perguruan Mu'allimin Muhammadiyah dengan kurikulum dari Pimpinan Pusat Muhammadiyah. Sekolah berkembang pesat dengan siswa dari berbagai daerah sekitar Selatpanjang.

Tahun 1978, Perguruan Mu'allimin berkembang menjadi Madrasah Ibtidaiyah (setingkat SD), Madrasah Tsanawiyah (setingkat SMP), dan Madrasah Aliyah (setingkat SMA) sesuai regulasi pemerintah. Pada 1 November 1979 didirikan Panti Asuhan 'Aisyiyah yang menampung anak yatim dan pra-sejahtera yang bersekolah di Mu'allimin.

MI Mu'allimin terus berkembang dengan berbagai prestasi dan peningkatan kualitas pendidikan. Saat ini memiliki 388+ siswa dengan 15 rombongan belajar dan 23 guru berkompeten yang profesional.